L’organisation du programme ITER reflète son caractère unique – ITER est une entreprise internationale sans équivalent dans l’Histoire en même temps qu’une installation de recherche qui s’inscrit dans un territoire et participe à son développement.

Au niveau international :

Le Conseil ITER , composé de représentants de chacun des partenaires, est le conseil d’administration de l’Organisation internationale ITER.

L’Organisation internationale ITER, créée par traité par les sept partenaires du programme, est chargée de concevoir, de construire et d’exploiter l’installation.

Au niveau européen :

Comme chacun des partenaires du programme ITER, l’Union européenne a mis en place une « agence domestique » chargée de fournir les différents éléments de l’installation. Baptisée « Fusion for Energy », l’agence européenne est installée à Barcelone.

Au niveau français :

Le Haut représentant pour la réalisation d’ITER en France assure la coordination des acteurs nationaux impliqués dans le programme ITER et représente la France au sein des instances internationales.

L’Agence Iter-France ,  responsable des travaux de viabilisation et d’aménagement du site; de la collecte de la contribution française et de l’accueil des collaborateurs de l’Organisation internationale ainsi que de leur famille. L’Agence Iter-France assurera également le démantèlement de l’installation
Auprès du Préfet de Région , la Mission ITER, installée en 2005, a rempli son contrat avec notamment la livraison de l’itinéraire, l’ouverture de l’école internationale, la mise en place du dispositif spécifique emploi formation, l’accompagnement pour la préservation des enjeux environnementaux sur le site de construction, l’élaboration d’un document de référence pour l’aménagement du territoire. Pour accompagner l’implantation du  projet ITER et optimiser ses retombées économiques sur le Val de Durance, le ministre de l’aménagement du territoire a donné mandat au Préfet de région de proposer aux collectivités locales la mise en place d’un Groupement d’Intérêt Public « GIP ITER - Val de Durance ». L’objectif reste que l’instance partenariale voit le jour en 2010.Dans la perspective de la mise en place prochaine du GIP, le SGAR coordonne ce dossier régional , en s’appuyant notamment sur la Sous–Préfecture d’Aix, le Rectorat, la DREAL et la DIRECCTE, en liaison avec le CEA et l’Agence ITER France. L’équipe assurant l’animation du Comité Industriel ITER et la fonction « d’Officier de Liaison Industriel » avec l’Agence domestique européenne (F4E) a rejoint l’Agence ITER France.

Des collectivités territoriales engagées pour l’implantation du projet

Les collectivités territoriales de la région Provence Alpes Côte d'Azur se sont engagées par des votes de leurs assemblées à contribuer au financement du projet Iter lui même  ( machine ) ou au financement de mesures décidées pour l'accueillir  ( itinéraire, école internationale) à hauteur de 467 millions d'euros .
- Le Conseil Régional Provence Alpes Côte d'Azur (152 millions d'euros)
- Les Conseils généraux des départements suivants : Alpes-Maritimes (15 millions d'euros), Alpes de Haute Provence (10 millions d'euros), Bouches du Rhône (152 millions d'euros), Hautes Alpes (5 millions d'euros), Var (30 millions d'euros), Vaucluse (28 millions d'euros).
- La Communauté du Pays d'Aix (75 millions d'euros)

Une convention financière qui concrétise l'engagement de l'Etat et de ces huit collectivités territoriales dans la réalisation de ce grand équipement de recherche a été signée le 9 octobre 2006.